Microbioom (onze lichaamsbacteriën) de afgelopen 100 jaar sterk veranderd

Een universiteit in Oklahoma denkt een manier te hebben gevonden waarbij met oud DNA iets verteld kan worden over het oude microbioom. Juist het microbioom van de oude mensch kan een belangrijk hulpmiddel vormen bij het begrijpen van de gezondheidsproblemen van de moderne mens. Dit kan informatie leveren over het verlies van de goede bacteriën door onder andere overmatig antibiotica gebruik en ontsmettingsmiddeltjes.

Cecil M. Lewis Jr en Raul Tito beide van Oklahoma University (Molecular Anthropology Laboratory) hadden de leiding over de studie die de duizenden jaren oude faeces van verschillende archeologische plaatsen in de VS eens nader ging bekijken. Vooral de info die over de bacteriën werd gevonden was interessant.

Hier hield het nog niet mee op, er werd namelijk beschikbare data van twee zeer goed gepreserveerde monsters meegenomen, die van Ötzi de IJsman en een soldaat die 93 jaar bevroren op een gletsjer lag.

Ötzi

De resultaten ondersteunen de hypothese dat mensen in het verleden een microbioom bezaten die veel meer overeenkomst met die van primaten vertoont dan met de moderne mens. Lewis en het team concluderen dan ook dat de samenstelling van de darmbacteriën in de afgelopen 100 jaar dramatisch is veranderd.

Lewis: het is een verzameling van factoren die hebben bijgedragen, de sterke verandering van het voedsel, het overmatige antibiotica gebruik en de desinfecterende schoonmaakmiddeltjes. We gaan ervan uit dat de verandering van het microbioom sterk bijdraagt aan de ontwikkeling van auto-immuunziektes en andere gezondheidsproblemen.

Lewis gaat door: graag willen we de co-evolutionaire relatie tussen mensen en bacteriën beter leren begrijpen. Dit geeft ons juist informatie over de verliezen. Dit kunnen we op twee manieren doen:

door stammen ver weg van de menselijke beschaving en primaten te onderzoeken en
het bekijken en onderzoeken van oude monsters.

De tradionele stammen zijn trouwens niet meer zo?n goed studiemodel. Lewis vertelt: de mensen krijgen misschien melk en extra voedsel van de overheid, die kan het microbioom zeker veranderen. Hierom hebben we meer wetenschappelijk houvast aan onze neven: de primaten.

Maar hierbij moet men zich bedenken dat de gemeenschappelijke voorouder van de chimpansee en de mens al ruim 6 miljoen jaar oud is. Over deze heel lange periode hebben er beslist evolutionaire veranderingen in de afzonderlijke microbiomen plaatsgevonden.

Trouwens ook aan het onderzoek van de duizend jaar oude faeces kleven nadelen. Indien men ervan uitgaat dat het DNA de periode heeft overleefd bestaat er nog altijd de levensgrote kans op vervuiling, bijvoorbeeld van de bodem maar zelfs in het lab moet men goed oppassen.

Om deze problemen uit de weg te gaan werd er gebruik gemaakt van een nieuwe techniek, vertelt Lewis enthousiast: source tracking, ontwikkeld door Dan knights (University of Colorado). Deze methode is heel goed in het filteren van het gewenste DNA, afkomstig van de oude darmen, uit de gigantische berg met informatie.

De monsters, waar we een goede bewaard microbioom vonden, gebruikten we voor verdere analyses van de oude menselijke darmen. Hierdoor krijgen ook meer kennis over deze mensen, zoals bijvoorbeeld ziektes maar ook wat er zich de afgelopen 100 jaar veranderd heeft in de darmen van de moderne mens.

Hier de complete studie in het tijdschrift PLOS ONE.